1949年兰陵县卫生院防疫股，分管全县卫生防疫工作。

1962年7月10日，枣庄市人民委员会决定设台儿庄卫生防疫站，编制4人，业务直属市卫生防疫站领导。

1968年10月12日，枣庄市革命委员会根据省卫生工作会议精神，将台儿庄卫生防疫站下放，由所在区革命委员会领导，同年11月7日台儿庄区革命委员会研究决定撤销区卫生防疫站，防疫站工作由台儿庄区医院承担。

1969年秋恢复台儿庄区卫生防疫站。

1978年8月区防疫站设结（核）防组。

1980年设防疫科、结（核）防科、卫生宣传科、皮防科。1982年底，共有建筑面积1382平方米的工作用房。

1985年全站共有防疫工作人员25名。

1995年全站职工43人，设有健康教育、检验、卫生、地方病、皮防、消杀、防疫等7个科室。当时的主要职责是疾病预防控制、卫生监督监测、卫生健康知识宣传等工作。

台儿庄区疾病预防控制中心于2004年9月成立，占地面积1936㎡,设岗位编制38人。2016年建成建筑面积999平方米综合实验楼，2017年5月对原有综合业务楼危房进行了改建。

2021年3月，原台儿庄区结防所与台儿庄区疾病预防控制中心重组，成立新的台儿庄区疾病预防控制中心。

2023年10月10日，原台儿庄区卫生监督所与台儿庄区疾病预防控制中心重组，成立新的台儿庄区疾病预防控制中心，重新核定编制74人。

现今，疾控中心有实验用楼999平方米，综合业务办公用楼2624平方米。根据工作需要，中心共设置办公室、财务科、党务人事工作室、健康教育科、传染病防治科、病媒生物科、免疫规划科、结核病防治科、慢病科、艾滋病防治科、卫生监测科、质控科、检验科、预防接种门诊、法制稽查科、监督执法一科、监督执法二科、监督执法三科共十八个科室。